RNA-seq

RNA-seq即转录组测序技术，就是把mRNA,smallRNA,and NONcoding RNA等或者其中一些用高通量测序技术把它们的序列测出来。反映出它们的表达水平

RNA-seq实验流程
      RNA-seq样品提取总RNA后，对于真核生物，用带有Oligo(dT)的磁珠富集mRNA，对于原核生物，用试剂盒去除rRNA，向得到的mRNA中加入Fragmentation Buffer使其片断成为短片段，再以片断后的mRNA为模板，用六碱基随机引物(random hexamers)合成cDNA**链，并加入缓冲液、dNTPs、RNase H 和DNA polymerase I 合成cDNA**链，经过QiaQuick PCR试剂盒纯化并加 EB缓冲液洗脱经末端修复、加碱基A，加测序接头，再经琼脂糖凝胶电泳回收目的大小片段，并进行PCR扩增，从而完成整个文库制备工作，构建好的文库用Illumina HiSeq2000进行测序。


RNA-seq技术优势
      数字化信号：直接测定每个转录本片段序列，单核苷酸分辨率的**度，同时不存在传统微阵列杂交的荧光模拟信号带来的交叉反应和背景噪音问题。
      高灵敏度：能够检测到细胞中少至几个拷贝的稀有转录本。
      全基因组分析：可以对任何物种进行全基因组分析。无需预先设计特异性探针，因此无需了解物种基因信息，能够直接对任何物种进行转录组分析。同时能够检测未知基因，发现新的转录本，并**地识别可变剪切位点及cSNP，UTR区域。
      检测范围：高于6个数量级的动态检测范围，能够同时鉴定和定量稀有转录本和正常转录本。


RNA-seq应用领域
      转录本结构研究(基因边界鉴定、可变剪切研究等)，转录本变异研究(如基因融合、编码区SNP研究)，非编码区域功能研究(Non-coding RNA、microRNA前体研究等)，基因表达水平研究以及全新转录本发现。