1.多管发酵法
初发酵实验
 生化培养箱发酵管内装有单倍或三倍乳糖蛋白胨培养液，并在内倒置有小玻璃管。每个样品用三个不同的水样量接种，同一接种水样量要有五管，将水样分别接种到装有乳糖蛋白胨培养液的 生化培养箱发酵管中，在37℃±0.5℃下培养24h±2h。乳糖能起选择作用，因为很多**不能发酵乳糖，而大肠菌群能发酵乳糖并产酸产气。培养液中加入溴甲酚紫作为酸度指示剂，**产酸后，培养液即由原来的紫色变成黄色。产酸产气的发酵管表明试验阳性，如在倒管内产气不明显，可轻拍发酵管，有小气泡升起为阳性。

复发酵实验 
轻微振荡初发酵试验阳性结果的 生化培养箱发酵管，用3mm接种环将培养物(2-3环)转接到EC培养液中，在44.5℃±0.5℃下培养24h±2h(提高培养温度可造成不利于来自自然环境的大肠菌群的生长)。培养后立即观察，发酵管产气则证实为粪大肠菌群阳性。

2.滤膜法
 生化培养箱滤膜是一种微孔性滤膜，孔径0.45μm。将水样注入已**的放有滤膜的过滤器中，经过抽滤，**即被截留在膜上，然后将滤膜贴于M-FC培养基上，在44.5℃±0.5℃下培养24 h±2h。粪大肠菌群菌落在M-FC培养基上呈蓝色或蓝绿色，其他非粪大肠菌群菌落成灰色、淡黄色或无色。正常情况下，由于温度和玫瑰酸盐试剂的选择性作用，在M-FC培养基上很少见到非粪大肠菌菌落。
掌握这几种基本的生化培养箱应用方法可以让我们在科研试验中更好的使用生化培养箱。