无尘室洁净度的维持和控制，除了硬设备的配合投资外，也需要良好管理制度来搭配，方能维持良好的洁净度。无尘室内的微污染来源，经测试分析结果，作业人员占约80%，实验数据显示，作业人员进出无尘室时尘埃有显著增加，有人动作时，洁净度马上劣化，可见洁净度劣化的原因人是主要因素。
无尘室的污染源可分为外污染及内污染源。外污染源主要包括空调送风、间隙渗入、建筑物、工作服、风管材料以及一般性气体如N2、O2、Air、给水、溶剂等；而内污染源则包括制程设备、工作人员、工具、加工制程、隔间材料、工作桌、包装材料等
对硅芯片而言，微尘粒子之附着将造成集成电路线路的变形或短路，使芯片失去运作功能，因此微污染源的控制已成为无尘室管理的重要环节。而对微污染的控制，其基本原则有四：
1.外部尘埃侵入的防止：
无尘室适当的正压保持（>0.5mmAq），做好施工工程的不漏气，人员设备、原材料搬入无尘室前先做好清洁擦拭等防尘动作，空气过滤器适当的管理和设置。
2.室内发尘的防止：
隔间板、地板等无尘室材料的适当选用、制程设备的发尘抑制、生产自动化及人员不聚集、动作放松、洁净衣的管理、使用无尘室专用器等。
3.室内发尘不积留：
墙壁体应光滑无死角、无尘室需定期保养和清扫、制程设备四周应留有空间。
4.发生尘埃之排除：
换气次数应足够，适当的空间布置以及污染源接排气和空调的气流速度须适当。