超净工作台是微生物检测实验室使用很广泛的设备，应建立监控规程与使用指南。
1、监控规程：超净工作台在管理上应制定相应的监控规程，其主要内容是：1定期监测超净工作台、无菌隔离系统的内表面的微生物学质量及其内部的空气质量（粒子和微生物）要求所用的高效过滤器应能确保使大于等于0.3um的粒子的截留率达到99.97%以上。层流空气 的流速应足以将工作区的粒子带出去。一般说来，在距离过滤器下游15—处的平面上（工作区），理想的层流速度应控制在0.36—/s之间；2高效过滤器的完好性和层流速率应经过确认，在安装完备后须在使用现场进行完好性（泄漏）检查和过滤效率（性能）测试 。以后还须定期进行此类测试（通常每半年至少检查1次）；3日常管理一旦发现设备运行不稳，或环境监控结果异常，或微生物检验结果偏差呈上升趋势，均须立即进行完好性检查和性能测试。此类检查非常重要，这样可以有效避免给无菌操作带来的潜在污染风险。无菌作业时，应 同时监控操作区空气 以及操作台表面的微生物学质量，在实验时，应同时做阴阳性对照试验。
2、使用指南：层流净化工作台使用指南的主要内容有：应在人员走动相对较少，并且是在离门较远的位置安置层流净化工作台，目的是使设备周围环境的气流相对稳定，不影响操作区，更不得对操作区层流产生干扰 。
设备开启后，操作人员应首先检查压差指示表的读数是否正常，与常规压差相比，压差偏小或偏大均表明设备运行异常，需立即调查并采取必要的纠偏措施。
如果操作区内安装有紫外灯，操作前必须关闭紫外灯直至完成所有的无菌作业。防止紫外线对操作人员的损害及对样品中可能存在的微生物的损伤。
操作人员戴无菌乳胶手套和无菌袖套后方可在层流区操作。开启工作台后，应采用无菌消毒剂（70%无菌乙醇）对其表面消毒，至少等待5min后，方可开始操作。无菌操作前，置于工作台内的所有物品均应经过充分消毒并直至风干。工作区内的所有物品均应排放整齐，以免干扰气流方向。应即时将工作台内的闲置物品撤离出去，并且不得堵住气流的进口。
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