3、对环境的影响：目前地下水的回灌技术不完善，在一定程度上会影响以水为低位热源的地源热泵的进一步推广；此外土壤源热泵空调系统钻井对土壤热、湿及盐分迁移的影响研究有待进一步深入，如何使不利因素减少到*小是必须考虑的问题。
4、初投资问题：并不是所有的地源热泵系统都是经济合理的，由于钻井费用可能占到整个系统初投资的50%以上，有些投资者可能会回到传统的空调形式。
5、安装维护：目前地源热泵系统的安装费用较高，与电制冷、天然气加热系统的500～800元/ton相比，地源热泵的600～1000元/ton(1ton=1.01605t)显然是高的，它的回收期是5～8年；而且地源热泵系统的维护较为困难，这在一定程度上会影响它的使用。
6、壤特性：土壤的特性随地点的变化而有所差别，在一地区的研究结果可能完全不适用于另一地区，必须进行相应的修正甚至重新研究。
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