为了满足日益增长的新一代测序需求,罗氏旗下的454生命科学公司近日宣布将在2010年推出新的普及型测序平台-GS Junior System。
GS JuniorSystem的大小与普通的激光打印机差不多,它的性能和特征会更适合小型-中型实验室的需求。此平台将会与长读长的GS JuniorTitanium试剂共同上市,测序读长约为400-500 bp。测序系统还会带有一台电脑,专为GSJunior的运行和下游数据分析而优化。
根据目前公布的数据,GS JuniorSystem的通量为每次运行产生35Mb以上的高质量碱基。平均读长为400个碱基,每次运行平均产生10万个读数。400个碱基的准确率为99%。文库制备仅需半天,测序需要10个小时,然后2小时处理数据。测序原理与GSFLX相似。
454生命科学的总裁Christopher McLeod预计GSJunior系统将会像个人电脑在大众中普及一样,在测序实验室中普及。他表示:“这项技术是几乎所有实验室都能拥有的。同时,我们仍将继续扩展我们的旗舰平台-GSFLX系统的性能。”
该公司还宣布即将推出GSFLX系统的一些新试剂盒、操作步骤和软件升级。这些新产品将让两个主要领域(转录组测序和PCR扩增子测序)利用400-500bp的长读长以及GS FLX Titanium系列试剂的更高密度。另外,Rapid Library PreparationKit将节省一半的文库制备时间,且需要的DNA量要少得多。
GS数据分析软件也经过了重大改进,有了全新的GS De NovoAssemblersoftware,能够处理来自人筛分基因组(3Gb)和转录组的数据组。新的cDNA测序步骤和拼接软件为新物种转录组测序和分析提供了完整的方案,几乎所有物种,即使是过去未曾鉴定的物种都能获得基因空间的综合图像。
*新的GS FLX TitaniumKit为定向扩增子测序提供了新方案,它支持400 bp长扩增子的超深度测序。近年来GSFLX系统的扩增子测序为多项医学研究铺平了道路,包括对HIV感染个体中低频率**抗体变异体的检测,以及高分辨率的HLA测序和分型。GSFLX Titanium扩增子测序将会继续推进这些研究,且每次运行的克隆读数会超过100万个。