安捷伦科技公司近日推出了一个独特的工具-Agilent SureSelect Target EnrichmentSystem,能大大简化DNA测序研究,让科学家利用新一代测序仪只对感兴趣的基因组区域进行测序。
目标富集,也称为定向重测序、基因组划分或DNA捕获,在研究人员只对基因组的某个特定区域感兴趣时相当有用。在这种情况下,AgilentSureSelect平台能在测序前捕获一系列外显子或其他基因组目标,并洗掉基因组的其他部分。SureSelect取代了其他耗时耗力的定向重测序方法,突破了大部分新一代测序流程中的主要瓶颈。
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安捷伦的基因划分产品是一个即用型的试剂盒,包含了客户指定的探针混合物,单管中*多能包含55000个生物素化的RNA探针。这些捕获探针长度为120bp,是目前市场上*长的。它们能有效捕获包含未知突变的DNA,如SNP、插入或缺失。SureSelect试剂盒有多种包装,适于几十个到几千个样品,也能与超高通量流程中的自动化相适应。此外,杂交反应在24小时内就能完成,而不是几天。
用户可利用安捷伦的eArray在线设计工具,自行设计SureSelect探针混合物。eArray工具中包含了许多主要的基因组,用户也能上传他们自己的序列。这种直观的在线设计工具是安捷伦定制基因组产品的核心,在芯片研究群体中很受欢迎,现在又扩展到新的SureSelect平台。eArray让生物学家轻松设计他们所需的工具,不收取任何费用。
Agilent SureSelect目标富集系统目前能应用在Illumina的GenomeAnalyzer系统上。安捷伦同时还在优化该系统,以便晚些应用在ABI公司的SOLiD系统上。
安捷伦的SureSelect试剂盒是源自Broad研究院的授权。去年Broad研究院的研究人员利用生物素化的RNA作为诱饵去捕获溶液中的DNA靶点。在上个月的《NatureBiotechnology》中,Broad研究院和安捷伦的研究人员详细描述了这个方法。他们可用它靶定约15000个外显子或2.5MB的DNA序列,以及四个基因组区域共1.7 MB序列。
安捷伦大约一年前获得了这项技术的授权,并将它包装成一个试剂盒,加上了质量控制步骤。安捷伦的产品与Broad研究院原始方法的*大区别是诱饵的长度,现在的120聚体取代了原始的170聚体。
到目前为止,一些早期用户已经试用了安捷伦的SureSelect系统,包括Wellcome TrustSanger研究院。其测序技术开发的主管DanielTurner表示:“安捷伦SureSelect目标富集系统的性能给我们留下了很深的印象。该技术与对手相比,有几个重要的特点:它操作简单,很容易扩展到96孔的形式;它比芯片或PCR等方法需要更少的基因组DNA;特异性**。实际上,它所需的DNA起始量只有其他平台的十分之一,因此对于珍贵样品而言是再适合不过了。”
今年下半年,安捷伦还会推出以芯片为基础的基因组划分产品,用于更小型的实验,让研究人员享有**的目标富集产品。目前安捷伦正在让早期用户试用,包括Broad研究院和冷泉港实验室。
SureSelect试剂盒于2月26日正式上市,接受订购。规格从10个反应到5000个反应。更多信息,请访问www.opengenomics.com/SureSelect。eArray设计工具在https://earray.chem.agilent.com。
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