在*新发布的冷泉港实验手册中,这一次奉上了ChIP和构建基因靶向载体两道免费大餐。
ChromatinImmunoprecipitation (ChIP)
染色质**沉淀(ChIP)是一项炙手可热的技术,主要研究特定蛋白与基因组DNA区域的相互作用。ChIP可确定转录因子是否与候选目的基因相互作用,并监测组蛋白的翻译后修饰。
在早期的ChIP研究中,主要用紫外线来将蛋白与DNA不可逆交联。交联的染色质用超声处理,或用限制性内切酶来切割,产生较小的DNA片段,随后与特定抗体进行**沉淀。然后纯化沉淀的蛋白-DNA复合物,并用蛋白酶处理,再用放射性探针来进行点杂交或Southernblot。
现代的ChIP步骤经过了改进,用甲醛来取代紫外线,让蛋白-DNA、蛋白-蛋白可逆交联;PCR也逐渐应用到ChIP中,来检测沉淀的DNA片段。此次发布的protocol是哺乳动物细胞中标准的ChIP步骤。首先向正在生长的细胞中加入甲醛,进行交联,再制备染色质,用超声法剪切,并预先纯化以降低非特异性**沉淀。随后用特异抗体来进行**沉淀。从蛋白A或蛋白G琼脂糖树脂上洗脱蛋白-DNA复合物后,加热样品以取消交联。纯化出DNA片段,用PCR或定量PCR进行分析。
Construction of Gene-Targeting Vectors byRecombineering
此份操作手册可是来自大名鼎鼎的Wellcome TrustSanger研究院,作者为Song-Choon Lee 和Pentao Liu。
培育基因敲除小鼠的关键是构建出基因靶向载体。重组技术大大简化了这个构建过程。此份protocol描述了如何利用pSim18质粒来构建条件性敲除的靶向载体。此质粒携带了pL启动子控制下的三个?噬菌体Red基因(Gam、Bet、Exo),它们也被温度敏感型CI857抑制子所调节。因此,利用简单的质粒转化就能让**人工染色体(BAC)带上热诱导重组功能,可在大肠杆菌内操作克隆的小鼠基因组区域,构建条件性敲除载体。
实验的全过程如下图: