目前在这方面，常用的实验方法是酵母双杂交系统（yeast two-hybridassays）和**共沉淀（coimmunoprecipitation）技术，这两种方法不需要首先阻止蛋白与其它蛋白的相互作用，在蛋白质组水平上就能获得蛋白相互作用的图谱。
一些公司也推出了这两种技术方法的相关产品，比如Invitrogen的ProQuest双杂交系统（ProQuestTwo-HybridSystem），这一系统采用的是其知名的Gateway技术，能快捷简便的获得可靠的蛋白相互作用结果。ProQuest双杂交系统的一个突出优点就是出现的假阳性情况比较少，这是因为这一系统以MaV203酵母感受态细胞为基础，将每种GAL4诱导型报告基因（HIS3、URA3和lacZ，共三种）的一个拷贝整合到酵母基因组中，生成四种表型，从而更易于鉴别真正的相互作用蛋白。而且ProQuest还提供五个一组的对照酵母菌株，用来显示表型以确定相互作用的强度
其它一些公司也有提供一些能获得带有亲和tags的蛋白的载体，比如目前比较常用的多肽tag：Flag，Sigma-Aldrich公司就推出了一些商业型Flag-genes。而Promega公司的HaloTag技术则是一种新型蛋白研究工具，这种技术基于一种独特的蛋白标签，是从**脱卤素酶经过基因工程改造而来，不仅可以与树脂或磁性颗粒结合，用于蛋白相互作用的研究，或者用于重组蛋白纯化（可获得高回收率、高纯度的可溶性重组目的蛋白），而且还可以与合成的一系列配基发生共价结合（比如带有荧光染料的配基）用于成像领域的研究。
在蛋白相互作用研究方面，HaloTag技术可以和HaloLink?树脂共同作用，其中HaloLink?可以定向地将HaloTag? 融合蛋白共价结合到固相表面，这种树脂由与Sepharose ?珠子结合的HaloTag ? 配基组成，能特异并且快速地结合HaloTag ? 融合蛋白。由于共价连接，HaloTag ?融合蛋白不会从树脂上被洗脱掉，从而可以进行彻底冲洗以除去非特异结合的蛋白，而不用担心 HaloTag ? 融合蛋白被洗脱下来。HaloLink? 树脂的结合速度很快，与生物素-链霉亲和素相当
除此之外，为了满足一些没有时间或者设备的研究人员的需要，一些公司也提供了Y2H筛选服务，比如法国的Hybrigenics公司和瑞士的DUALsystemsBioTech公司，前者是一家重点服务蛋白相互作用的生物制药公司，近期以80万欧元的价格收购了Oseo集团，这家公司提供酵母双杂交及其相关的服务，以广泛的数据库资源，高通量的筛选平台获得好评。
而DUALsystemsBioTech公司是从瑞士苏黎世大学独立出来具有自主产权的生物公司，这家公司一心致力于蛋白组学领域产品的研发，包括通过酵母系统进行蛋白质间相互作用研究的产品和服务，cDNA文库构建试剂和服务，在酵母中或E.Coli中进行重组蛋白的制备和纯化，以及一系列相关的试剂和抗体。另外来自西班牙的Innoprot公司则是一家提供高通量标记纯化分析的公司，目前在欧洲也拥有一定的顾客群。