Affymetrix SNP 芯片服务
技术服务详细描述
Affymetrix SNP 芯片服务-实验外包
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Affymetrix Genome-Wide SNP Array 6.0
新的Affymetrix Genome-Wide SNP Array 6.0产品的特点是超过1,800,000个遗传变异标志物，包括超过906,600个SNP和超过946,000个用于检测拷贝数变化的探针。
具体参数如下：
超过906,600个SNP，包括：
Unbiased selection of 482,000 SNPs; historical SNPs from the SNP Array 5.0
Selection of additional 424,000 SNPs
Tag SNPs
SNPs from chromosomes X and Y
Mitochondrial SNPs
New SNPs added to the dbSNP database
SNPs in recombination hotspots
超过946,000的用于检测拷贝数变化的探针，包括：
202,000 probes targeting 5,677 known CNV regions from the Toronto Database of Genomic Variants
Regions resolve into 3,182 distinct, non-overlapping segments; on average 61 probes per region
744,000 probes, evenly spaced along the genome
Affymetrix Genome-Wide SNP Array 5.0
500K SNP probes + 420K non polymorphic probes；
将原先的Human Mapping 500K Array Set结合为单一芯片；
所需样本少 (500ng)，SNP 判读率高 (high call rate)；
单一芯片上可检测超过500,000个人类SNP。此外，还可检测420,000个非 SNP 的基因变异(如 copy number variation)；相比原先的Human Mapping 500K Array Set，可检测的基因差异范围更广。
Affymetirx GeneChip Human Mapping 500K Array
SNP位点的数量：500,568；
500K SNP芯片中，两个SNP位点间距的平均值是5.8kb；
500K SNP芯片中，两个SNP位点间距的中位值是2.5kb；
平均杂合度（Average heterozygosity）：0.29；
平均次等位基因频率（Average Minor Allele Frequency）：0.22；
SNP位点两侧10kb范围内的序列覆盖85%的全基因组序列。
其他产品Affymetirx GeneChip Human Mapping 100K、10K Array
Affymetirx GeneChip Human Mapping 500K、100K、10K参数比较
| 参数 | 500K | 100K | 10K |
| SNP位点数量 | 11,555 | 116,204 | 500,568 |
| 两个SNP位点间距的平均值 | 5.8kb | 23.6kb | 210kb |
| 两个SNP位点间距的中位值 | 2.5kb | 8.5kb | 105kb |
| 平均杂合度(Average heterozygosity) | 0.29 | 0.30 | 0.37 |
| 样品点尺寸(μm) | 18 | 8 | 5 |
| 每个SNP位点独立检测数 | 40 | 40 | 24 |
| 靶点复杂度 | 50Mb | 300Mb | 550Mb |
| 象素尺寸(μm) | 2.01 | 1.56 | 0.70 |
| 符合率(Calling Rate) | ≥90% | ≥95% | ≥98% |
| 一致性 | ≥99% | ≥99% | ≥99% |
| 重复性 | ≥99.8% | ≥99.8% | ≥99.8% |
服务名称
Affymetrix Genome-Wide SNP Array 6.0服务
Affymetrix Genome-Wide SNP Array 5.0服务
Affymetirx GeneChip Human Mapping 500K Array服务
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Affymetrix SNP 芯片服务-实验外包
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1）决定购买细胞株之前，必须仔细阅读他们的培养信息，所谓“细胞株未到，培养基先行一步”。
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