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RT- PCR
(Reverse Transcription-Polymerase Chain Reaction)即逆转录PCR,是将RNA的逆转录(RT)和cDNA的聚合酶链式扩增反应(PCR)相结合的技术。RT-PCR技术灵敏而且用途广泛,可用于检测细胞组织中基因表达水平、细胞中RNA病毒的含量和直接克隆特定基因的cDNA序列等。
引物选择
随机引物
适用于长的或具有发卡结构的RNA。适用于rRNA、mRNA、tRNA 等所有RNA的反转录反应。主要用于单一模板的RT-PCR反应。
Oligo dT
适用于具有PolyA尾巴的RNA。(原核生物的RNA、真核生物的 Oligo dT rRNA和tRNA不具有PolyA尾巴。)由于Oligo dT要结合到PolyA 尾巴上,所以对RNA样品的质量要求较高,即使有少量降解也会使全长cDNA合成量大大减少。
基因特异性引物
与模板序列互补的引物,适用于目的序列已知的情况。天为时 性引物 代公司的SuperScript One-Step System特别适合于与基因特异性引物连用。
影响因素
RT-PCR
反应受多个因素影响,如硫酸镁的浓度, 引物退火的温度,扩增的循环数等。
◇建议选择0.5-3.0 mM (相差0.5 mM)的硫酸镁作初步实验。
◇对于具有较高Tm的引物,增加退火和延伸时的温度对反应有利。较高的温度有利于减少非特异的引物结合,因而提高特异产物的得率。
◇大多数目标RNA经40轮PCR反应就能观察到。但如果目标RNA太**,或者只有很少的起始材料,有必要增加扩增的次数到45-50次。
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