这28种病毒可能是通过不同途径从海外侵入日本国内的。据称，09年5月流感疫情初发阶段在神户、大阪等地蔓延的流感病毒种类似乎已经消失，当时采取的大规模封校举措被认为是有效的。
椎野等人对238例新型流感病毒样本进行基因序列分析。这些病毒包括09年5月8日～9月20日在日本国内采集的75例新型流感病毒、以及从世界其他地方采集的163例。
结果显示：本次在全球传播的病毒共分4大类，包括初期在墨西哥和北美检测出的和之后在纽约市等地发现的两类，以及它们之间杂交变异生成的另两类病毒。
在此基础上，椎野等人对在日本国内检查出的病毒进行基因方面的细分之后，共得出28种不同病毒，包括在各地集体发生的12种，以及个别病例的16种。
有分析称，集体发生的许多病毒种类很可能是在5月下旬至6月上旬期间侵入日本国内的。