广东省微生物应用新技术公共实验室依托于省微生物研究所，建设期为2005-2007年。 广东省国民经济建设需要的微生物应用技术研究和开发的**平台、一个与国内外科研院所和企业广泛合作和交流的高水平研究机构、一个解决与生物技术相关的多个行业的关键性和共性问题的技术支撑单位,实验室的研究方向为：“微生物资源多样性研究与前期开发、环境微生物及应用环境生物工程、食品生物**监测控制技术、微生物危害及其防治技术、现代微生物育种技术”。
1. 微生物资源多样性及前期开发研究
建立环境微生物、分析微生物、经济微生物、食药用菌等有特色的专业菌种库和基因库，使其成为华南地区有特色的不可替代的微生物资源保藏中心和**菌种南方保藏中心，以及标准化的有特色的**标本馆。
1.1 微生物资源的收集、评估和生物学基础研究
采用现代分子生物学技术提高保藏水平、对馆藏菌种进行系统地研究和鉴定，选育、筛选各种环境中的功能性微生物，增加菌种及标本的库存量，为我省工农业生产、环境保护、生态修复、研究提供菌株。对难培养和不可培养的微生物进行研究、鉴定，突破传统的只能分离培养后才能进行研究的模式。以载体等形式为科研生产教学提供实用的生物材料。
1.2 微生物资源开发利用的前期研究，定向分离纯化目标菌株,对有潜在应用意义的微生物资源进行前期开发应用研究。
2.环境微生物和应用环境生物工程研究
在**认识和了解环境工程微生物在活性污泥和生物膜中降解环境污染物的规律，开发以高效生物催化技术为核心的高新环境生物工程技术，为广东省水污染和空气污染治理提供源源不断重要微生物菌种和关键技术，成为广东省环境污染生物治理核心技术**中心。
2.1高效降解苯系物、硫系物、合成染料的功能微生物的研究。
在工业废水的微生物脱色和芳香族化合物的降解机理、新的基因和酶的研究方面取得**性的研究成果。
2.2 微生物降解典型顽固性污染物(染料基本结构类似物、偶氮染料、三苯基甲烷染料)的代谢机理的研究;研究废水生物处理技术的关键性和共性技术难题，以提高废水处理的脱氮、脱色效率和毒害性污染物的去除率，减少废水处理中含氯氧化剂的使用量，推广到石油化工、制药、造纸等行业和集约化禽畜养殖的废水的处理。
2.3以高效生物催化为核心的应用环境生物工程技术研发：生物膜、生物脱氮、生物脱硫、生物脱臭等领域中开发生物强化技术，微生物降解的新型复合技术;烟道气二氧化硫的生物治理及元素硫回收技术;苯系物、硫系物的恶臭生物治理技术，取代高成本、高耗能、产生二次污染的传统技术目标是研究高效治理恶臭污染和有害气体污染的生物除臭方法和产品，使高效、节能、清洁和资源回用的生物催化过程,为生活污水厂、化工厂、禽畜养殖场、垃圾转运站和固体废弃物处理厂的恶臭提供治理的方法;石化厂、服装厂、制鞋厂、涂料厂等生产过程中挥发性有机有毒有害废气的生物处理技术。
3.食品生物**监测控制技术研究
针对食品微生物监测、诊断及防治中存在的检测技术抗干扰性差、检测速度慢、灵敏度低和缺乏**高效控制技术等难题，研究开发：
3.1有害微生物检测技术研究。食源性致病菌指纹图谱;食源性致病病毒快速检测技术;生物发光法**和**数量快速测定技术及快速检测试剂盒;食源性致病菌分子检测和特异性生化检测技术;食源性致病菌消长规律、信号传递和新的检测标记研究;微生物数值分类和鉴定、生物芯片技术研究。
3.2有害化学物监测技术研究。农药、兽药和**残留**检测技术研究;有毒重金属电化学法快速检测技术研究;***微生物技术研究;有毒物质残留的分析仪器确证技术研究。
3.3食品生产污染微生物控制技术研究。**剂消杀机制研究;开发新型环保高效**剂及消杀技术;防腐剂防腐机理研究;新型防腐剂及防腐技术研究。
3.4食品**的预警系统、过程控制及质量评价技术研究
3.5 食品**标准研究
4.微生物危害及其防治技术研究
研究开发**、高效的生物性天然**防霉新材料;建立起食品、日化产品和水性涂料等产品的品质、货架期和**性的预测模型。**防霉相关性能测试技术与标准研究，积极参与和承担抗生物新材料及制品的**防霉的相关性能测试与评价的行业标准、国家标准和国际标准的起草及编制。使在**防霉方面的科技**和技术开发能力上升到国内不可替代的地位，并与国际相关领域接轨。
5.现代微生物育种技术研究
随着基因组学研究的不断深入，我们将在后基因组研究阶段中跟踪国际国内研究前沿，大力开展微生物育种新技术的研究与开发，为工业高技术与绿色工业过程、农业生物质经济(包括生产基本化工原料、生物燃料和生物能源)提供能够实现新的催化特性、高立体选择、高生产效率和耐极端环境的微生物新菌种。
5.1以DNA重组技术为核心的分子育种技术研究，通过探索基因的功能和基因的调控研究，进行微生物基因元件的重组，构建能够合成新的化合物的目标菌种。
5.2以代谢途径工程为核心的微生物代谢工程育种技术研究，确定微生物代谢工程育种的合理靶点，以修饰、改造特定微生物的菌种。
5.3 以微生物分子进化工程为核心的微生物育种技术研究，研究易错PCR技术、DNA shuffling技术和基因组重组技术在微生物育种中的应用，实现自然界数百万年才能完成的微生物分子进化，达到有效改造蛋白质，满足人类不同的需求。
