1.3DID(3D interacting domains)
网址：http://3did.irbbarcelona.org
http://gatealoy.pcb.ub.es/3did/
简介：搜集3D结构已知的蛋白质的互作信息，可通过结构域名称、基序名称、蛋白质序列、GO编码、PDB ID、Pfam编码进行检索。
2.DOMINE
网址：http://domine.utdallas.edu
简介：结构域互作数据库。
3.PiSite(Database of Protein interaction sites)
网址：http://pisite.hgc.jp
简介：以PDB为基础，在蛋白质序列中搜寻互作位点。
4.Binding MOAD
网址：http://www.BindingMOAD.org
简介：致力于提供蛋白质-配体晶体结构数据信息。提供结构已知的蛋白质的相关配体，并附有详细注释，同时提供由实验而得的亲和力数据。
5.Phospho.ELM
网址：http://phospho.elm.eu.org
简介：蛋白质磷酸化位点数据库
6.SuperSite
网址：http://bioinformatics.charite.de/supersite
简介：蛋白质中代谢物、**结合位点数据库，提供结合机制、识别机制、保守结合位点等信息。
7.STITCH
网址：http://stitch.embl.de/
简介：蛋白质-化合物作用网数据库
8.Reactome
网址：http://www.reactome.org
简介：人体生命活动路径与过程数据库，提供生化过程网络图，并对参与其中的蛋白质分子有详细注解，与其他数据库如UniPort、KEGG、OMIM等建立了广泛的交叉应用。
9.PID(Pathway Interaction Database)
网址：http://pid.nci.nih.gov
简介：由NCI和Nature共同创立，提供已知的人体细胞信号转导、调节活动及主要细胞生命过的蛋白质路径网，可通过输入某个分子名或代谢过程名称进行查询。
10.UniHI(Unified human Interactome database)
网址：http://www.unihi.org
简介：人体蛋白-蛋白相互作用数据库，可根据蛋白质名称、代谢路径等进行查询。
11.VirHostNet
网址：http://pbildb1.univ-lyon1.fr/virhostnet/index.php
简介：病毒-宿主分子互作网数据库，提供病毒-宿主蛋白质互作信息及这些蛋白质的相关注释。可通过输入基因、蛋白质、路径等关键词进行查询。
12.Bionemo(molecular information on biodegradation metabolism)
网址：http://bionemo.bioinfo.cnio.es
简介：搜集与生物降解代谢相关的蛋白质、基因数据，包括蛋白质序列、结构域、结构;基因序列、调控元件、转录单元等信息。除此之外还包括生物降解的代谢路径图、相关生化反应等。
13.PMAP
网址：http://www.proteolysis.org
简介：蛋白质水解路径数据库
