洁净厂房设计首先要了解所设计的洁净厂房的用途、使用情况、生产工艺特点等，比如设计的是集成电路生产用洁净室，首先要弄清楚产品的特性—集成性、特形尺寸和生产工艺特点；对洁净室的要求—空气洁净度等级、温湿度及其控制范围、防微振、防静电和高纯物质的供应要求等；其次要充分了解拟采用的生产工艺、工艺设备情况和工艺布局的设想。设计人员应协同确定洁净厂房各功能区的区划，确定各类生产工序（房间）的空气洁净度等级和各种控制参数—温度、相对湿度、压差、微振动、高纯物质的纯度和杂质含量；初步选择洁净室的气流流型并进行净化空调系统的初步估算及设计方案的对比、确定；进行洁净厂房的平面布置、空间布置，此时必须首先安排好产品生产区与生产区、动力公用设施区的合理布局，通常是顺应产品的生产工艺流程，在确保产品生产环境要求的情况下做到有利于产品生产的操作、管理，有利于节约能源、降低生产成本。