洁净医学实验室的室内环境均为人工受控环境，通过为洁净医学实验室设置空调系统来维持洁净医学实验室的内环境，保持一定的空气温度和相对湿度、换气次数、压力状况、空气的洁净度，为实验人员提供舒适的工作环境。洁净医学实验室的空调系统基本上均为全空气空调系统，空调系统的能耗是整个设施能耗的很大的组成部分。如何减少空调的能耗室洁净医学实验室节能的关键环节。医学洁净实验室的空调净化系统的划分应依据操作对象的危害程度、平面布置等情况经过经济技术比较后确定，并应采取有效措施避免污染和交叉污染。空调净化系统的划分应有利于实验室的**、**、自动控制系统的设置和节能运行。医学洁净实验室的空调净化系统应能承担实验室内各类实验设备、实验人员的热湿负荷。医学洁净实验室的空调机房不应距离实验室过远，净化空调系统的风机应选用风压变化较大时风量变化较小的离心风机。洁净区内不应设置分体空调、风机盘管等分散的室内空调。无菌实验室可以采用全空气一次回风、二次回风空调系统，新风量大的空调器系统可以采用全空气一次回风空调系统，新风量小的空调器系统可以采用全空气二次回风空调系统，空调系统的运行模式可以采用湿度控制优先的策略。
PCR实验室和PET中心的空调均要采用全新风直流式空调系统，全送全排。空调送风系统和排风系统之间可设置非接触式的热回收系统，如乙二醇热管热回收系统，乙二醇溶液的浓度依据冬季的室外***气温确定。洁净的生物**实验室空调均要采用全新风直流式空调系统，全送全排。空调送风系统和排风系统之间可设置非接触式的热回收系统，如乙二醇热管热回收系统，乙二醇溶液的浓度依据冬季的室外***气温确定。洁净医学实验室空调系统的设计应根据洁净医学实验室的使用功能、实验种类、设施的平面系统划分进行划分和设置，对于有生物**要求的洁净医学实验室，需符合《生物**实验室建筑技术规范》GB50346的规定。空调系统的划分和空调方式选择应经济合理，并有利于洁净医学实验室的**、自动控制、系统设置、节能运行，同时避免互相影响。洁净医学实验室空调系统的负荷计算应充分考虑建筑围护结构、人员、实验设备的冷、热、湿负荷。空调系统均要预留足够的夏季再热量，夏季再热优先采用热水、蒸汽，在夏季没有热水、蒸汽的场合可以采用电再热。