无菌生产车间要想获得工艺要求的洁净效果，要合理地了解车间内所需的工艺、洁净度级别和的要求，才能实施建筑。建筑时需精心合理地施工安装，重要的是要正确地使用无尘生产车间和合理地维护车间的管理制度，使无尘生产车间达到良好的净化效果，符合要求的洁净度。车间内气流一定要均匀地来回送风排风；无菌生产车间内的温湿度要控制好，防止因温湿度影响产品的生产和质量；气流的送风量及风速一定要注意，足够的通风换气才能使无尘生产车间内的空气污染排除；无尘生产车间内必须维护一定的正压，保证无尘生产车间不受到污染物的影响。无菌车间适当之正压保持（>0.5mmAq），做好施工工程不漏气。
人员设备、原材料搬入无菌车间前先做好清洁擦拭等防尘动作，以及空气过滤器适当的管理和设置。室内发尘不积留：墙壁体应光滑无死角、无菌车间需定期保养和清扫、制程设备四周应留有空间。防止室内发尘：注意隔墙板、地板等无菌车间材料的适当选用；制造设备的发尘抑制、生产自动化及人员不聚集、洁净衣的管理、使用无菌车间器等。厂房处于密闭空间中，如何保证通风量是厂房的难点之一。为了满足这一要求，需要的技术人员进行空间计算，包括空间面积、用户数量、清洁标准等。如何为该空间选择合适的送风方式也是无菌车间面临的问题。具体的送风方式可根据实际使用情况选择。空气供应有两种主要方式：层流供气和湍流供气各有优缺点，需要综合考虑才能做出选择