兽药净化厂房的选址、设计、布局、建造、改造和维护必须符合兽药生产要求，应当能够*大限度地避免污染、交叉污染、混淆和差错，便于清洁、操作和维护。应当根据厂房及生产防护措施综合考虑选址，厂房所处的环境应当能够*大限度地降低物料或产品遭受污染的风险。厂房周围不要有各种污染源，包括气味、粉尘、颗粒物质、纤维及其他在空气中的漂浮物。尤其是厂房上风口。厂区内应根据生产产品的性质合理布局。具有腐蚀性、刺激性、特殊气味等性质的产品或生产的厂房应设置在厂区下风口。企业应当有整洁的生产环境；厂区的地面、路面及运输等不应当对兽药的生产造成污染；生产、行政、生活和辅助区的总体布局应当合理，不得互相妨碍；厂区和厂房内的人、物流走向应当合理。应当对厂房进行适当维护，并确保维修活动不影响兽药的质量。应当按照详细的书面操作规程对厂房进行清洁或必要的**。厂房应当有适当的照明、温度、湿度和通风，确保生产和贮存的产品质量以及相关设备性能不会直接或间接地受到影响。
净化厂房、设施的设计和安装应当能够有效防止昆虫或其它动物进入。应当采取必要的措施，避免所使用的灭鼠药、杀虫剂、烟熏剂等对设备、物料、产品造成污染。应当采取适当措施，防止未经批准人员的进入。生产、贮存和质量控制区不应当作为非本区工作人员的直接通道。应当保存厂房、公用设施、固定管道建造或改造后的竣工图纸。这部分档案资料是目前大部分兽药生产企业忽略的问题。为降低污染和交叉污染的风险，厂房、生产设施和设备应当根据所生产兽药的特性、工艺流程及相应洁净度级别要求合理设计、布局和使用。应当根据兽药的特性、工艺等因素，确定厂房、生产设施和设备多产品共用的可行性，并有相应的评估报告。生产青霉素类等高致敏性兽药应使用相对独立的厂房、生产设施及独立的空气净化系统，分装室应保持相对负压，排至室外的废气应经净化处理并符合要求，排风口应远离其它空气净化系统的进风口。如需利用停产的该类车间分装其它产品时，则必须进行清洁处理，不得有残留并经测试合格后才能生产其它产品；生产高生物活性兽药（如性**类等）应使用专用的车间、生产设施及空气净化系统，并与其他兽药生产区严格分开。