主要组织相容性抗原（MHC抗原）是一类影响同种异体动物组织器官发生移植排斥反应的抗原， MHC 抗原主要分为两类： I 类抗原和 II 类抗原。小鼠的 MHC 抗原又称为 H-2 抗原， H-2 基因复合体位于小鼠第17号染色体上。小鼠 MHC 分子由11个亚类组成，分为：经典的 MHC I 类分子（也叫做 MHC-Ia ），包括 H-2D，H-2K 和 H-2L；非经典的 MHC I 类分子（MHC-Ib），包括 H-2Q，H-2M 和 H-2T；经典的 MHC II 类分子（MHC-IIa），包括 H-2A(I-A)，H-2E(I-E) 和 H-2P ；非经典的 MHC II 类分子（MHC-IIb），包括 H-2M 和 H-2O 。
小鼠的 MHC I 类分子由一条 45 kD大小高度糖基化重链和 12 kD大小的 β2 微球蛋白（ beta 2-microglobulin， β2-MG ）以非共价键形式相连组成。MHC II类基因位于H-2 I区域，II类抗原包含一条33 kD大小的 α 链和一条 28 kD大小的 β 链。
MHC I类抗原几乎在所有的有核细胞上表达，主要作用是能够将自身病变细胞（病毒感染细胞或癌变细胞）的抗原信息展示给 CD8+ 的细胞毒性 T 细胞。 MHC II 类抗原表达与抗原递呈细胞上（包括 B 细胞、单核细胞/巨噬细胞、 DC 细胞、朗格汉斯细胞等），主要功能是将抗原递呈细胞加工处理后的抗原信息呈递给 CD4+ T 细胞。
MHC分子具有高度多态性的特点，但是由于实验室小鼠都是近交系小鼠，所以每一个品系的小鼠都具有独特的 MHC 单倍型。不同小鼠品系的 MHC 单倍型用小写字母（a、b、d、k、q、s等）进行命名区分，比如 BALB/c 小鼠的MHC单倍型为 H-2Kd、 H-2Dd、 H-2Ld、 I-Ad 和 I-Ed 。
实验室常用小鼠单倍型及同种异型抗原
