FITC PE APC**荧光共染
从理论上来说，**荧光三染（特指不要求Dapi的那种），一般选择 红 绿 蓝三种颜色，比较容易区分。首先说明的是，荧光在机器上的原始颜色其实并不重要，颜色只是肉眼观察到的颜色，实际上*后的信号是通过机器检测相应荧光染料被激发后的发射光的波长和强度而产生的，那么这也就是说明重要的是你的激发光和发射光之间的区间能否区别开，而实际上荧光染料本身发射出来的颜色*后并不重要，通过软件每种染料的颜色我们都可以调成任意其他颜色，比如你的Fitc 默认是绿色，但是如果你想要红色，直接更换颜色就可以了，（我用的是leica的机器），理论上来说olympus 的机器也是一样的。再就是你的这个体系中APC 由于激发和发射光的区间都在600以后，和你的Fitc 和 PE不然不冲突。而PE的发射区光波长区间和FITC的也离得很远，所以不太冲突。难办的是，Fitc 吸收光峰值在488，而PE的吸收峰区间在 490-560，这也就导致你直接选择PE模式去激发荧光，必然会激发Fitc，从而产生重叠的荧光信号，使得*后结果特异性（就是能否区分的特性）较差，但是PE的吸收波长区间很大，建议可调高PE的吸收波长长度，从而较好的在激发PE的时候而不会激发Fitc 从而显著提高。综上所述你的三染模型理论上是可以行的通的，Fitc 选择 488 激光管激发，PE选择543激光管激发，而APC选择633 激光管激发即可，至于颜色可以选择绿，红，蓝，或者绿，红，紫色(或者灰白色)，至于蓝色可以用来染色DAPI。
我还是觉得采用激光共聚焦的顺序扫描应该可以完全解决串色干扰的问题。至于颜色，可以自己调节。
如果你的共聚焦显微镜的荧光染料库里没有你所用给的染料，简单的办法就是选择跟你的染料的*接近的染料，而不是随便就选择一个。
如果共聚焦显微镜的配置有光谱拆分的话，就更不用担心干扰的问题，因为这个拆分可以把发射光谱非常接近的荧光也可以被清楚分离。
如果还解决不了问题的话，可以(推荐使用）直接跟共聚焦的厂家的工程师联系（官网上肯定有联系方式的），他们会很乐意帮助你的饿，而且可以很快的解决问题。
ps：你的共聚焦是什么牌子和型号的啊？
