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韩春雨详解新版实验方法要点 称新旧实验方法无本质区别
日期:2024-11-23 23:53
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摘要:
8月8日,河北科技大学副教授韩春雨向非营利性质粒共享信息库Addgene提交新版的详细实验方法,并补充了数项应当注意的问题。
此前,韩春雨领导的课题小组发明新的基因编辑技术NgAgo-gDNA,被国内媒体誉为做出“诺奖级”实验成果。然而,论文发表两个月后,全球仍没有一家实验室对外宣布能够完全成功重复韩春雨的实验,多国科学家要求发表韩春雨论文的《自然-生物技术》介入调查并公开实验中的所有原始数据和实验条件,该期刊表示将按照既定流程来调查此事。
10日,韩春雨**回应南方都市报,表示其他科学...
8月8日,河北科技大学副教授韩春雨向非营利性质粒共享信息库Addgene提交新版的详细实验方法,并补充了数项应当注意的问题。
此前,韩春雨领导的课题小组发明新的基因编辑技术NgAgo-gDNA,被国内媒体誉为做出“诺奖级”实验成果。然而,论文发表两个月后,全球仍没有一家实验室对外宣布能够完全成功重复韩春雨的实验,多国科学家要求发表韩春雨论文的《自然-生物技术》介入调查并公开实验中的所有原始数据和实验条件,该期刊表示将按照既定流程来调查此事。
10日,韩春雨**回应南方都市报,表示其他科学家无法复制实验结果的原因,他也在研究,但目前不能随便下定论,必须有科学的结论才能发声。目前提交的新实验方法是在和其它科学家讨论之后得出的,其中*有价值的部分是提出了一些注意事项。
新版实验步骤有四处变化 增加四个注意事项
5月2日,韩春雨课题组的论文《NgAgo DNA单链引导的基因编辑工具》在《自然-生物技术》网络版发表,随后引起了广泛关注。韩春雨小组得出的结果是以DNA来介导NgAgo(一种核酸内切酶)对靶向基因的识别从而进行基因编辑,被认为是基因编辑领域的一项重大突破。
韩春雨因此走红网络,被许多人视为在普通学校也能做出**科研成果、耐得住寂寞搞科研的典型样本。同时有观点认为,NgAgo将取代CRISPR成为新一代主流的基因编辑技术。不过,韩春雨本人对此相当谨慎。他曾在接受媒体采访时表示,NgAgo系统和CRISPR都为基因编辑应用提供了更好的工具和多样化的选择,各有各的用处。
然而,在论文发表后的两个多月后,没有一家科研团队宣布成功重复出韩春雨的实验结果,使得这项新基因编辑技术受到极大的质疑。
8月8日,河北科技大学副教授韩春雨向非盈利性质粒共享信息库Addgene网站提交新版的详细实验方法,南都记者看到,其中一些实验步骤与其在《自然-生命科学》中发表的论文有所不同。
据“科学美国人”中文版《环球科学》的微信公众号“科研圈”介绍,新版实验步骤有几处变化:
1.血清品牌由 Hyclone 变更为Gibco;
2.增加了关于“293T 细胞贴壁不牢,换液时要小心操作”的小提示;
3.建议在质粒/gDNA共转染的时间从“24小时”变成了8小时、12小时或24小时后;
4.溶解和稀释质粒及 gDNA 的缓冲液从含有 EDTA 的0.5xTE变更为水(pH 8.0)。
此外,实验步骤之后还有“在实验前要仔细确认所使用的细胞株未被污染或污染已被彻底**”、“在细胞消化和培养过程中要避免使用金属离子螯合剂 EDT。也可以在培养基中额外加入 5 mM或其他浓度的镁离子”等四条注意事项。
有研究者认为,新版实验步骤第三条提到的补转gDNA和第四条中缓冲液的变化,尤为关键。
值得注意的是,实验步骤后补充的四条注意事项中, EDTA 再次被强调。据了解,EDTA是一种金属离子螯合剂,可以螯合镁离子,而根据韩春雨补充的说明,镁离子恰恰是 NgAgo 系统发挥作用的必要条件。有学者认为,此前多国学者无法重复实验结果,或许就是EDTA“神不知鬼不觉”地产生了影响。
新方法公布后 争议仍未止息
此前,由于多国科学家无法重复出实验结果,有人质疑韩春雨在论文中隐瞒了实验的关键条件。 “《自然-生物技术》应该要求韩向公众公开他所有的原始数据和实验条件,这是学术期刊的义务。”质疑者之一的布尔焦说。
新版方法刚刚公布,尚未有人公开声称调整后的方法有效。一位重复实验结果失败的国内研究者则对南都说,实验时确实没有注意到新版方法中涉及的细节,将在近期继续尝试。他对重复成功表示了审慎乐观。
但在NgAgo的谷歌讨论组内,争议仍未止息。名为Jonathan Geisinger的用户认为,新版实验方法并不具备足够的说服力。名为SL的用户则表示,问题的关键仍然在于韩春雨如何达到论文中21%-41%基因编辑效率,新步骤看起来不足以让那些重复实验失败的人将效率提高到20%以上。
《自然-生物技术》:暂未取得可公开的调查进展
8月8日,《自然-生物技术》发言人称,将按既定流程调查韩春雨的研究。“已有若干研究者联系本刊,表示无法重复这项研究,”发言人说,“《自然-生物技术》对于人们提出的任何关于论文的疑虑都会认真对待,并加以慎重考虑。”
发言人同时表示,作为在自然科研旗下期刊发表论文的条件之一,作者须将材料、数据、代码和相关的实验流程及时向读者提供,不可加以不当限制。
有研究者认为,韩春雨新公布的实验方法发生了变化,但这并不意味着韩春雨违反《自然-生物技术》的要求,在此前的论文中隐瞒了实验的关键条件。
以新步骤中缓冲液的变化为例,这名研究者说,基因编辑的实验中,用水和含有EDTA的0.5xTE做缓冲液都很常见,大多取决于研究者的个人习惯,可能正因为此,韩春雨在此前的论文中没有特别强调避免EDTA的影响。
10日下午3时许,《自然》工作人员对南方都市报记者表示,目前韩教授没有将*新的实验方式提交给杂志社,因此不好发表评论。此外,对于期刊此前声明对韩春雨论文的调查,暂时没有可以对外公开的进展。
**对话韩春雨
10日,韩春雨**回应南方都市报,表示新提交的实验方法,当中*有价值的部分是提出了一些注意事项,如避免细胞的污染。韩春雨称,这些新的实验方法是在和其它科学家讨论之后得出的,此前自己只是从自己的经验、习惯出发去撰写实验方法,对别人可能遇到的问题考虑不周全。
韩春雨对南都记者表示,其他科学家无法重复的原因,他也在探究,但目前不能随便下定论,“重复性到底是由什么决定的,比如我们认为是细胞污染,那我们必须有科学的结论才行,要拿出证据,不能随口一说。”
韩春雨认为,这些研究工作并不是他一个人的责任,所有的科学家都可以做的,“这一个东西提出来之后,其实就是提供给全世界了,让全世界科学家一起去解决这里面的问题。”
对于是否有人已经复制成功,对实验结果是否仍然有信心,韩春雨表示,《自然》的*新报道是***的,除此之外均不作回应。
南都:*近你向质粒共享信息库 Addgene 提交了更详细的新版实验方法,其中补充了数项应特别注意的问题。为什么会作出这些改变?
韩春雨:**个关于血清的品牌的改进并不重要,只要保证是热灭活的血清就可以;**个补充DNA guide时间,这是要根据细胞的传代速度和蛋白表达时间来决定的。每个实验室里的细胞都不同,所以需要根据实验用细胞的蛋白表达时间去补加DNA guide,这个是需要摸索的。而以前的方法是根据我当时的实验确定的;第三个改进,将缓冲液从含有 EDTA的TE换成PH8的水,主要是因为NgAgo需要镁离子,我们要尽量去掉所有含有EDTA的试剂。
南都:此前为什么没有提出这些注意事项?
韩春雨:通过*近和其他一些研究者交流,我认为这些可能会被研究者忽视。
南都:*新提交的实验方法与原来的实验方法有什么不同?
韩春雨:原则上没有本质区别,但增加了需要特别注意的事项,例如避免使用污染的细胞;还有一些细节,例如如何磷酸化ssDNA,以及避免Mg离子损失。
南都:这次提交新的试验方法,*重要的价值在哪里?
韩春雨:新的实验方法当中*重要的部分是根据实验室经验提出了一些注意事项,排在前面的是*重要的。在我们注意事项中的**点,就是NgAgo系统对细胞的污染,包括支原体、寄生菌的污染极其敏感,避免使用污染的细胞。
南都:你认为是细胞的污染导致很多科学家无法复制你的实验吗?
韩春雨:其他科学家无法重复的原因,我们也在研究。但必须要作出科学的结论来才行,不能随口一说。比如用污染的细胞和不污染的细胞对比,以及这些污染到底是什么。
其实这个工作是所有科学家都可以做的。比如说他会去研究污染如何对NgAgo系统起作用,可以作为科研论文去发表。我们的经验分享给大家,别人有经验也可以去分享,这就是科学的态度。
南都:你是怎么得出这一新的实验方法的?
韩春雨:这是跟别人在讨论当中发现的,有一些我们也在优化。一个技术出来,它的优化是需要不断进行的,每次都可能有一些小的进步。比如在细胞培养液中添加镁离子效果更好。
南都:为什么选择Addgene这个平台,而不是原来发表期刊的《自然-生物技术》?
韩春雨:这是两个不同的渠道,Addgene是一个非营利机构,主动联系我们的,他们希望我们提供一份详细的protocol,所以我就提交了。这是一个研究人员共享的平台。
事件回顾
5月2日,韩春雨课题组的论文《NgAgo DNA单链引导的基因编辑工具》在《自然-生物技术》网络版发表;
5月-7月,研究成果受到学界和社会的广泛关注,韩春雨走红;谷歌在线聊天群组等网络社区内,无法重复实验结果的质疑声也陆续出现;
7月14日,方舟子发博文质疑韩春雨,称国内多家实验室反映他们重复不出韩春雨论文的实验结果;
7月29日,一度对重复实验表示乐观的澳大利亚大学研究中心学者盖坦•布尔焦(Gaetan Burgio)公开发文称无法再现韩春雨论文的结果,将质疑声推向高潮;
8月2日,《自然-生物技术》宣布将按照既定流程对研究进行调查;
8月8日,韩春雨向质粒共享信息库 Addgene 提交更详细的新版实验方法,其中补充了数项应特别注意的问题