常见的染色方法包括简单染色、负染色、革兰氏染色、芽孢染色法、鞭毛染色、荚膜染色、死活染色。制备xi菌染色片一般要经过涂片、固定、染色、水洗、干燥等步骤，然后用显微镜甚至油镜观察。
简单染色：
不同xi菌或者由于观察者所侧重观察的内容不同，所以使用的染料也有差异，但是简单染色的方法是一样的。先按照上述的制片方法制片，制成需要观察的玻片后，使用相对应的染料滴加到玻片上的菌膜区域，以覆盖菌膜为准。按照不同染料的要求，结合所观察的内容确定染色时间，染色时间到达时，进行水洗，干燥等步骤。*后得到的玻片加盖盖玻片即可进行镜检。
负染色：
将微生物与苯胺黑或者india墨水混合，再将混合物覆盖于载玻片表面，由于这两种天然黑色染料不能渗入微生物细胞，所以使得透明的微生物个体在黑色的背景下很容易观察。
负染色法常见有两种操作方法。**种发个方法比较常见，在一个载玻片上将微生物与异地苯胺黑混合，用另外的载玻片将混合物均匀的覆盖于原来的载玻片上。该方法的目的是使混合物在在玻片上一边厚一边薄，在厚与薄中间的额区域就是观察区域。如图所示：
第2种方法是用一接种环苯胺黑与微生物混合，用接种针在载玻片的中央将混合物延伸很小的区域。具体操作如图所示：
革兰氏染色：
革兰氏染色是xi菌学中广泛使用的一种鉴别染色法。xi菌先经碱性染料结晶紫染色，而后经碘液进行媒染，之后用酒精脱色，在一定条件下有的xi菌媒染后的颜色不会脱去，有的可以被脱去，前者叫做革兰氏阳性菌，后者为革兰氏阴性菌。为方便进一步观察，脱色后再用碱性蕃红进行复染，阳性菌仍为紫色，阴性菌染成红色，这就是革兰氏染色的原理。其步骤包括初染、媒染、脱色、复染四个步骤，主要步骤如图所示：
芽孢染色法：
部分xi菌能产生内孢子，这些孢子能抵制xi菌染色液的进入，在革兰氏染色法涂片染色时，革兰氏阳性菌的芽孢呈现无色。虽然芽孢在革兰氏染色片中可以看到，但在不易清晰观察时，可用特殊的芽孢染色法，使芽孢与菌体呈现不同颜色，便于观察。主要的芽孢染色法有孔雀绿染色法和石碳酸复红染色法。
鞭毛染色法：
鞭毛是xi菌的运动器官，非常纤细，超出了光学显微镜观察限度，因此通常情况下在显微镜下观察不到。通过特殊的染色技术，可以将染色液附加到鞭毛的周围，增加它的直径，从而能在光学显微镜下观察到鞭毛。鞭毛染色一般分银盐法和复红沉淀法两种。这里介绍一下银盐沉淀法。
荚膜染色：
一般xi菌的荚膜与染色剂的亲和性低，但荚膜通透性高，因此染料可以透过荚膜使菌体着色。一般采用负染色方法使背景和菌体之间形成一透明区，将菌体衬托出来便于观察分辨。
死活染色：
死活染色排除法是生物研究中判断细胞活性的一种常用方法，是利用死活细胞在生理机能和性质上的差异来进行的，常用的染色剂有台盼蓝和美蓝，前者使用范围较广，后者一般在酵母菌细胞死活鉴定上使用较多。