PCR反应primers design这是重要的一步。理想的，只同目的序列两侧的单一序列而非其它序列退火的primer要符合下面一些条件：
1)足够长，18～24bp，以保证特异性，当然，不是说越长越好，太长的primer同样会降低特异性，并且降低产量；
2)GC%，40%~60%；
3)5'端和中间序列要多GC，以增加稳定性；
4)避免3'端GCrich，个BASE不要有GC，或者5个有3个不要是GC。
5)避免3'端的互补，否则，容易造成DIMER；
6)避免3'端的错配；
7)避免内部形成二级结构；
8)附加序列(RT site，Promoter sequence)加到5'端，在算Tm值时不算，但在检测互补和二级结构要加上它们；
9)使用兼并primer时，要参考密码子使用表，注意：生物偏好性，不要在3'端使用兼并primer，并使用较高的primer浓度(1μM～3μM)；
10)学会使用一种design software，PP5，Oligo6，DNA star，Vector NTI，Online design et al。