尼康显微镜保持光学元件的清洁对保证好的光学性能来说非常重要，当显微镜不用时，显微镜应当用仪器提供的防尘罩盖住。若光学表面及仪器有灰尘和污物，在擦清表面前应当先用吹气球吹去灰尘或用柔软毛刷去污物。
光学表面应当用无绒棉布，镜头纸或用专用的镜头清洁液沾湿的棉花签来清洁。请避免使用过多的溶剂，擦镜纸或棉花签应恰当沾湿溶剂但不要因为使用太多溶剂而渗透到物镜内，造成物镜清晰度下降及物镜损坏。
显微镜的低倍物镜有相当大的前组镜片，能用缠在手指上的棉布或棉签及擦镜纸上用乙醇沾湿来擦拭。40X、100X需多加小心地用放大镜仔细检查。高倍镜中为了达到高的平坦度，应用了一个有小曲率半径凹面的前组镜头，在擦拭这组镜头时用带有棉球的牙签或棉花签清洁。擦拭镜头表面要轻。不要过度用力和有刮擦动作，并确信棉签触到镜头的凹面。
使用防尘罩是保证尼康显微镜处于良好机械和物理状态的*重要的因素。显微镜的外壳如有污迹，能用乙醇或肥皂水来清洁，但切勿让这些清洗液渗入显微镜内部，造成显微镜内部电子部件的短路或烧毁。
保持显微镜使用场地的干燥，当显微镜长期工作在湿度较大的环境中，还是容易增加霉变的几率，因此如显微镜不得不工作在这些湿度较大的环境中，建议使用去湿机。
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