流式细胞术在过去30年里得到迅速发展，在**学、分子生物学、**学、病毒学、癌症生物学和传染病学等领域得到广泛应用。比如，流式细胞术对研究**系统状态及其对传染病和癌症的反应非常重要，它可以表征来自血液和骨髓的混合细胞群，以及由**结、脾、粘膜组织、实体肿瘤等固体组织分解成的单个细胞。除了分析细胞外，流式细胞术另一个主要应用是对细胞进行分选，以满足使用者进一步的分析需求。
本文将主要以细胞生物学、**学和分子生物学为例，介绍流式细胞术在实际中的应用。
细胞生物学与**学
**分型：
**分型在流式细胞术的应用中常见，它利用流式细胞术的能力同时分析混合细胞群的多个参数。**分型基本的形式就是使荧光偶联抗体与细胞表面对应的抗原特异性结合，之后利用流式细胞仪，根据细胞表面的荧光对细胞做出分析。大多数抗原都有特定的分化亚群编号或者CD编号，对应的抗体用相同的方式命名。
大多数**细胞都有特定的CD标记，这些细胞标记称为谱系标记，用于定义特定细胞群，以便在每个**分型实验中进行额外分析。例如T细胞标记物(CD3, CD4, CD8)， B细胞标记物(CD19, CD20)，单核细胞标记物(CD14, CD11b)和NK细胞标记物(CD56, CD161)。
除了定义细胞群的谱系标记外，还使用其他标记来描述每个细胞群的特征。这些标记包括激活标记(CD69、CD25、CD62L)、记忆标记(CD45RO、CD27)、组织归巢标记(α4/β7)和趋化因子受体标记(CCR7、CCR5、CXCR4、CCR6)等。通常，**分型还针对细胞内标记物，如FoxP3(定义Treg细胞)、细胞因子(IFN-γ、TNF-α、IL-2定义Th1细胞)、增殖标记物(Ki67、CFSE)和抗原特异性标记物等。