PXIe机箱采用与PXI机箱类似的机械结构，但是PXIe模块与背板的连接在电气和机械方面都有所不同。在本书后续章节中会详细介绍一个机箱可以同时支持PXIe和PXI模块。为了简单起见，纯PXIe机箱并仅指3U形式而不涉及6U形式。
每个插槽下面的符号标记与PXI有所区别，因此可以清晰地辨识为PXIe插槽，PXIe用深色背景和白色插槽号码而PXI用浅色背景和深色插槽号码。
背板采用PCIe连接而不是PCI连接来提供控制接口。PCIe连接大体上允许任意一代PCIe(GEN1,GEN2,GEN3)并且允许每个槽位中包含不同数量的连接通道。这又是一个与PXI的重要不同，即不是所有的插槽都是相同的。如果用户需要使用高数据连接速率的模块就需要将其安装于高数据带宽的槽位。如果将低数据速率的模块安装在高数据速率的插槽上，PCIe将调节数据带宽来适应模块，如果高数据速率的模块安装在低数据速率的插槽上，那么模块将以插槽的速率上限来运行。
某些机箱包含一种配置背板通道连接的方法来提供更好的灵活性。具体地说，允许把通道汇聚在在某些接口中，因此需要大数据量的模块就能获得比其它槽位更高的带宽。
在PXIe背板的实现上还有很多其它的细节区别，例如在10MHz时钟外增加了100MHz时钟。触发系统基于点对点差分信号而不是多路单端信号。只有一个本地总线用于连接相邻模块，所以制造商已经取消了对本地总线的依赖。
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