采用已衰退菌种进行生产会影响生产效率，而把已衰退菌种作为阳性菌株进行检验，则会影响检验正确率。既然变异是不可避免的，那么我们应该如果避免菌种衰退呢？
1、控制传代次数
尽量避免不必要的移种和传代，把必要的传代减少到*di的水平以减少突变几率。传代次数越多，产生突变的几率就越大，菌种发生衰退的机会就越高。在实验室检验或者是生产实际中，应严格控制传代次数。中国药典当中规定，培养基灵敏度检查所用的菌株传代次数不得超过5代，以防止菌株因传代次数过多引起衰退影响检验。
2、利用不同类型细胞进行接种传代
放线菌，霉菌用菌丝进行移种比分生孢子容易衰退，因菌丝是对核且有异核存在，所以移种霉菌适宜采用孢子。
3、良好的培养条件
不佳的培养条件会衰退细胞的出现，因此采用适宜的培养基进行菌种培养，以减少衰退几率
4、采用有效的菌种保藏方法
根据保存时间的长短，选择适宜的保存方法。
传代培养法：复苏后的**代放于4℃冰箱或室温保存，定期传代培养。保藏时间依微生物种类而定。如，芽孢、霉菌、酵母菌保存6个月转一次，普通xi 菌1个月转一次，假单胞菌2周转一次
甘油冻存法：将复活后经过性能确认的菌株新鲜培养物（一般是第2代菌株），用0.85%的灭jun生理盐水（约1-2ml）洗斜面菌苔成菌悬液；将上述菌悬液吸取适量于灭jun管（冻存管）中（如，灭jun管容量为5ml，则取1.5ml菌液），加入等体积的40%灭jun 甘油，混匀，密封。保藏温度为—20℃，一般可保存1-2年。
瓷珠保存管保存：菌株保藏管内含特制的小珠（20-25颗）和特殊溶液，只需将培养好的菌株接入溶液中，摇匀成菌悬液，细胞即吸附于小珠上，然后吸出溶液，将保藏管置-70℃可保存5年，置-20℃可保存2-3年。