一次性PCR扩增可以设置一系列不同的退火温度条件（通常12种温度梯度）的称之为梯度PCR仪。
因为被扩增的不同的DNA片段其zui 适合的退火温度不同，通过设置一系列的梯度退火温度进行扩增，从而一次性PCR扩增就可以筛选出表达量高的*适合退火温度进行有效的扩增。主要用于研究未知DNA退火温度的扩增，这样既节约时间，也节约经费。
在不设置梯度的情况下亦可当做普通的PCR用。真正的梯度，是每一排管都有精que的加热控温探头。
梯度PCR仪多应用于科研、教学机构。