PCR反应过程中内参基因的作用如下：
1. 判断样品提取是否成功。假如你提取了总RNA然后再做逆转录得到cDNA，然后再去跑PCR发现没有结果，是不是表示样品中没有你的目的基因呢？答案是：不一定。要根据使用同一模板跑出的内参基因的结果才可判断。内参基因的CT在一个合理范围（比如20左右）的前提下，才能说明样品制备没问题，在这个前提下，做出来的结果才是可信的。
2 .用来计算目的基因的表达量。在进行相对定量PCR时，所有的目的基因都要经内参基因的校正后才能进行比较，因为每个样品的提取效率都可能不同，所以不能简单的把每个PCR结果的CT值直接进行比较，这样是没有意义的。只有把目的基因的表达量与内参基因的表达量相除以后得到一个比值、然后把这个比值进行比较，才是有意义的，而且这个比值可以量化，终得到表达量的RQ值。
3. 与熔解曲线相对照。有时我们会发现染料法qPCR的熔解曲线很差，并非单峰，这时先不要确定是引物的问题，还要先看一下内参的CT。假如内参的CT值很高，超过30，而目的基因的CT值很大甚至接近40，则说明模板浓度过低，导致出现非特异性扩增的可能性增加、而目的片段含量过少。解决方法是要重新制备PCR模板。