氢气发生器的工作原理，氢气发生器产出的氢气有两种不同的来源。下面对这两种工作原理进行简易的比较：
纯水电解制氢
把满足要求的电解水（电阻率大于1MΩ/cm，电子或分析行业用的去离子水或二次蒸馏水皆可）送入电解槽阳极室，通电后水便立刻在阳极分解：2H2O=4H++ 2O-2，分解成的负氧离子（O-2），随即在阳极放出电子，形成氧气（O2），从阳极室排出，携带部份水进入水槽，水可循环使用，氧气从水槽上盖小孔放入大气。氢质子以水合离子（H+•XH2O）的形式，在电场力的作用下，通过SPE离子膜，到达阴极吸收电子形成氢气，从阴极室排出后，进入气水分离器，在此除去从电解槽携带出的大部分水份，含微量水份的氢气再经干燥器吸湿后，纯度便达到99.999%以上。
碱液电解制氢
工作原理是传统隔膜碱液电解法。电解槽内的导电介质为氢氧化钾水溶液，两极室的分隔物为航天电解设备用上等隔膜，与端板合为一体的耐蚀、传质良好的格栅电极等组成电解槽。向两极施加直流电后，水分子在电解槽的两极立刻发生电化学反应，在阳极产生氧气，在阴极产生氢气。反应式如下：阳极： 2OH--2e → H2O+1/2O2↑ 阴 极： 2H2O +2e →2OH- +H2↑ 总反应式： 2H2O → 2 H2↑ +O2↑ 本仪器对压控、过压保护、流量显示、流量追踪等均实行自动控制;使输出氢气能在恒压下，根据气相色谱仪用氢气量，实现全自动调节（在产气量范围内）。
氢气发生器的原理：使用寿命较长的内置水泵把蒸馏水从内部水箱抽送到高分子聚合物交换膜电解（PEM）电池中。在进入电池的过程中，水通过专用滤筒进行过滤和除去离子，并且对水的电导率进行测量。潮湿的氢气穿过高分子聚合物交换膜，首先被气液分离器干燥并且然后通过静态干燥器（无需维护）进行干燥。然后，通过把电流反馈到电解电池中，对氢气压力水平进行监控，并且把氢气压力调节为设定压力。
可提供自动注水套件，使仪器能更长时间地自行运行。