1、常规PCR：
直接PCR是指直接从样品扩增目标DNA，无需进行核酸分离纯化。
2、热启动PCR：
热启动PCR常用于增强PCR扩增的特异性。该方法主要利用抗体、亲合配体、适体或化学修饰物等酶修饰酶，来抑制室温下的DNA聚合酶的活性。这种修饰使得在PCR体系配制阶段引物与模板、引物与引物之前的结合能力降低，从而避免了非特异性扩增。
3、巢式PCR：
巢式PCR是标准PCR的一种演变，其增强了反应特异性和目标扩增子的产量。
4、快速PCR：
在快速PCR中，通过缩减PCR步骤所需时间来完成更快的扩增，且不会影响扩增产量和效率。快速循环条件尤其适用于具有高扩增能力的DNA聚合酶，这类聚合酶在每个结合中可引入更多的核苷酸。
5、高GC含量PCR：
具有高GC含量（>65%）的DNA模板由于G和C碱基间的强氢键影响，比较难以扩增。富含GC的序列同时也涉及二级结构。因此，富含GC的序列可导致DNA聚合酶沿模板扩增时“卡顿”并干扰DNA合成。
6、多重 PCR:
多重PCR可在同一PCR反应管中同时扩增多个不同的片段。多种PCR不仅意味着节省时间、试剂和样品，还能够同时对比多个扩增子
7、长片段 PCR:
长片段PCR通常是指扩增大于5kb的DNA片段。长片段PCR传统上使用 Taq DNA 聚合酶（用于快速延伸）和高保真酶（用于提高准确性）的混合物。
8、定量PCR:
序列的扩增程度（得率）取决于模板起始量，PCR常用于对样品中的DNA进行定量，其中，常见的应用是 基因表达定量。