有可能是你的胶点样孔不整齐，就是你做胶的时候胶没有凝固好，你可以试试重新做块胶。
PCR拖带产生原因有很多：
1、退火温度较低，可以提高2到3度；
2、Mg离子浓度一般的PCR在1.5mM就可以了，不知楼主用的多少；
3、模板浓度较高或者含有其他PCR抑制剂，建议稀释下模板；
4、延伸时间一般1kb/min，时间太短可能会延伸不完全；
5、循环数太高也可能引起拖带，考虑平台期，30－35循环应该足够了。