有机试剂萃取法被认为是RNA制备中的金标准。在纯化过程中，样品在含有C6H5OH的溶液中进行了均质化，然后加入CHCl3，充分混合后静置片刻然后离心。在离心过程中，样品会分为三层：下部的有机相，中层含有变性蛋白质及gDNA，而上层水相则含有RNA。然后将上层水相分离出来并先后通过异丙醇，乙醇沉淀及再溶解来获得RNA。
有机试剂萃取法优点：
1、可以快读变性核酸酶并稳定RNA；
2、成本低；
有机试剂萃取法缺点：
1、有机试剂氯化物的使用及产生的废弃物；
2、费力的手动处理流程；
3、难以自动化操作。