PCR反应开始前，你需要准备好DNA模板（基因组DNA或者反转录制备的cDNA）,特异性的引物（手动设计或利用软件设计）并选择合适的商业化DNA聚合酶（根据实验的目的不同做出决定）。
1. DNA聚合酶的选择。市面上有多种DNA聚合酶可供选择，他们的特性也各有不同。因此你需要选择*适合自己实验需要的产品。通常我们将DNA聚合酶分为高保真性聚合酶和普通的Taq聚合酶。如果你希望得到没有任何突变的PCR产物，那应当选择高保真聚合酶。若你只是希望判断特异性序列的存在与否，那普通的Taq聚合酶已经足够。另外要注意的一点是，进行T载体连接的时候，要了解高保真的聚合酶所得的产物是没有A末端的，因此你在T载体连接之前需要进行加A反应。或者直接选用普通的Taq聚合酶。
2. 引物。引物特异性会影响到PCR反应成功的可能性，好的引物设计对PCR成功至关重要。设计引物时，有以下几条原则需要谨慎考虑：
1. 引物长度。通常PCR引物长度在18-22个碱基之间。这对引物的特异性以及退火温度而言均已足够。
2. 解链温度Tm。Tm值的定义是使得一半双链DNA解螺旋成为单链DNA的温度。引物的Tm值通常要在52-58度之间。
3. GC含量。*适合的GC含量为40-60%。
就目前而言很多软件都可以用来设计引物，如primer5和Oligo。通常这些软件设计得到的引物均可以满足需要。