PCR引物设计的目的是为了找到一对合适的核苷酸片段，使其能有效地扩增模板DNA序列。引物的优劣直接关系到PCR的特异性与成功与否。引物设计基础如下：
1.引物长度：教科书要求15-30bp，常用为20bp左右。实际情况zui 好是18-24bp，以保证特异性，不是越长越好，太长的引物同样会降低特异性，并且降低产量 。
2.引物扩增跨度： 以200-500bp为宜，特定条件下可扩增长至10kb的片段。
3.引物碱基：G+C含量以40-60%为宜，G+C太少扩增效果不佳，G+C过多易出现非特异条带。ATGC zui好随机分布，避免5个以上的嘌呤或嘧啶核苷酸的成串排列。5'端和中间序列要多GC，以增加稳定性，避免3'端GC rich，zui后3个碱基不要有GC，或者zui后5个有3个不要是GC。
4.避免引物内部出现二级结构，避免两条引物间互补，特别是3’端的互补，否则会形成引物二聚体，产生非特异的扩增条带。
5.引物3’端的碱基，特别是zui末及倒数第2个碱基，应严格要求配对，以避免因末端碱基不配对而导致PCR失败。
6.引物中有或能加上合适的酶切位点， 被扩增的靶序列zui好有适宜的酶切位点， 这对酶切分析或分子克隆很有好处。
7.引物的特异性：引物应与核酸序列数据库的其它序列无明显同源性。
8.学会使用软件：PP5，Oligo6，DNAstar，Vector NTI，primer3（这个在线设计zui好用）。
以上内容，至少可以解决99%的引物设计问题。