引物是PCR特异性反应的关键，PCR 产物的特异性取决于引物与模板DNA互补的程度。理论上，只要知道任何一段模板DNA序列， 就能按其设计互补的寡核苷酸链做引物，利用PCR就可将模板DNA在体外大量扩增。设计引物应遵循以下原则：
1、引物长度： 5-30bp，常用为20bp左右。
2、引物扩增跨度： 以200-500bp为宜，特定条件下可扩增长至0kb的片段。
3、引物碱基：G+C含量以40-60%为宜，G+C太少扩增效果不佳，G+C过多易出现非特异条带。ATGC随机分布，避免5个以上的嘌呤或嘧啶核苷酸的成串排列。
4、避免引物内部出现二结构，避免两条引物间互补，特别是3＇端的互补，否则会形成引物二聚体，产生非特异的扩增条带。
5、引物3＇端的碱基，特别是末及倒数二个碱基，应严格要求配对，以避免因末端碱基不配对而导致PCR失败。
6、引物中有或能加上合适的酶切位点， 被扩增的靶序列有适宜的酶切位点， 这对酶切分析或分子克隆很有好处。
7、引物的特异性：引物应与核酸序列数据库的其它序列无明显同源性。
引物量：每条引物的浓度0.～umol或0～00pmol，以低引物量产生所需要的结果为好，引物浓度偏高会引起错配和非特异性扩增，且可增加引物之间形成二聚体的机会。