二者的关联在于：报告基因都可以看做是标记基因。报告基因也有标记的作用，标记目的基因是否成功转化的作用，但是它们又有着各自的特点。
标记基因通常用来检验重组DNA载体转化成功与否，或者检测目的基因在植物细胞或组织中的定位。常用的标记基因是一些抗生 素抗性基因，如卡那霉素抗性基因、潮霉素标记基因等。而作为报告基因，在遗传选择和筛选检测方面必须具有以下几个条件：
1、已被克隆和全序列已测定；
2、表达产物在受体细胞中不存在，即无背景，在被转染的细胞中无相似的内源性表达产物；
3、表达产物唯1，对受体细胞无-毒，并且能进行定量测定。目前常用的报告基因有氯霉素乙酰转移酶基因(cat)、荧光素酶基因(luc)、β-葡萄糖苷酸酶基因(gus)、分泌型碱性磷酸酶基因(seap)、绿色荧光蛋白基因(gfp)等。