一些参数会影响洗涤步骤的效果。这些参数包括吸液高度和吸入位置，这两者都能调整，以降低背景（残留量）和差异。
残留液体中包含未结合的抗原或抗体，它们会增加背景信号。残留量越小，残留液体越少，转移到下一步的干扰液体也就越少。
吸液高度会明显影响残留量；如果洗涤吸头与反应孔底部的距离稍大，那就会让残留量急剧增加。反之，如果洗涤吸头压着反应孔底部，那么也会使吸液效率降低，残留量增加。
目前的洗板机一般使用两种类型的洗头：刚性和浮动。浮动洗头中的吸头可在洗涤过程中自由上下移动，而刚性洗头则固定在适当的位置。使用刚性洗头的洗涤操作在优化起来更为复杂，因为你需要非常仔细地调整吸液高度。如果你们实验室使用几种不同的板，那可能会很耗时。在使用浮动洗头时，吸头会降到反应孔的底部。调整高度就不是很重要，因此洗头会下降到底部。
抽吸的位置也对残留量有着重要影响；如果每个孔只使用一个抽吸点（这很常见，因为更快），那么抽吸的位置需要优化。*佳的位置取决于洗头的性状，但它几乎不在反应孔的中间，即使这是所有洗头*常见的默认位置。一般来说，*佳位置在孔中间与孔壁之间的某处。反应孔的形状也会影响残留量。C形底（平底圆角）的微孔板一般会比那些平底尖角的微孔板残留量更低。
如果没有自动洗板机，采用手工洗涤，那么也需要注意几点。使用8道或12道微量移液器，采用倒吸的方法进行洗涤；不同厂家的洗液不宜相互混用。洗板时需保证微孔板平放，将洗涤液注满各孔，但尽量避免漏液溢液，以每孔300 µl为宜；板洗次数一般为3次，要保证洗板的浸泡时间，每次浸泡时间一般为30-60 秒；尽量减少洗液残留量，推荐每次洗板后进行拍板，并及时更换吸水纸，避免吸水纸的碎屑粘到反应孔内。