大多数情况下ELISA商品多选用HRP 和碱性磷酸酶（ALP）。HRP可催化的底物为过氧化氢，参加反应的显色供氢体有邻苯二胺（OPD）、邻联甲苯胺（OT）及四甲基联苯胺（TMB）等。其中OPD 难溶于水，见光易变质，使用前配制，反应过程须避光且OPD有一定毒性。TMB 的反应产物为蓝色，目视对比鲜明，其性质稳定，对人体无毒。若选用各类酸性终止液，则会使蓝色转变为黄色。TMB作底物时的产物检测波长为450 nm ，ALP 作为标记物，其底物一般采用对硝基苯磷酸酯（pNPP），产物为黄色的对硝基酚，吸收波长是405 nm。为了保证结果的稳定性，必须要严格按照试剂盒说明书中规定的温度和时间操作，不可随意改变温度和时间。