PCR反应中有两条引物，即5′端引物和3′引物。设计引物时以一条DNA单链为基准（常以信息链为基准），5′端引物与位于待扩增片段5′端上的一小段DNA序列相同；3′端引物与位于待扩增片段3′端的一小段DNA序列互补。引物设计的基本原则：
1、引物长度：15-30 bp，常用为20 bp左右。
2、 引物碱基：G+C含量以40-60%为宜，G+C太少扩增效果不佳，G+C 过多易出现非特异条带。ATGC 好随机分布，避免5个以上的嘌呤或嘧啶核苷酸的成串排列。
3、 引物内部不应出现互补序列。
4、两个引物之间不应存在互补序列，尤其是避免3 ′端的互补重叠。
5、 引物与非特异扩增区的序列的同源性不要超过70%，引物3′末端连续8个碱基在待扩增区以外不能有完全互补序列，否则易导致非特异性扩增。
6、引物3‘端的碱基，特别是 末及倒数第2个碱基，应严格要求配对，合适选择是G和C。
7、 引物的5 ′端可以修饰。如附加限制酶位点，引入突变位点，用生物素、荧光物质、地高辛标记，加入其它短序列，包括起始密码子、终止密码子等。