上海交通大学自动化系隶属于上海交通大学电子信息与电气工程学院，是控制科学与工程**学科依托的实体单位，目前拥有控制科学与工程**学科博士学位授予权，控制科学与工程博士后流动站，以及控制理论与控制工程和模式识别与智能系统两个国家重点学科。同时还是上海市优化与控制软件工程技术研究中心的依托单位。主要研究方向包括复杂系统与控制理论、工业过程控制与优化、智能机器人、计算机集成制造、控制与网络技术集成、智能检测技术与装置、航空航天信息处理与控制、智能交通与交通**性、生物特征识别与应用、图像处理与计算机视觉、燃料电池等。
自动化系积极开展国际交往，先后与美国、德国、英国、日本、新加坡、香港等国家和地区多所知名高校进行专家互访、人才共同培养和学术研讨活动，建立了广泛的国际合作渠道。近年来，日本松下电工、德国西门子、日本三��电机、美国Rockwell自动化等有名国际大公司均向该系捐赠了大量具有国际*新水平的仪器设备，建立了相关的实验室或研究中心，这些均为该系师生熟悉和掌握国际自动化技术与装置的*新发展提供了良好的条件，为学生的实验提供了良好的环境。
系主任李少远教授说：“我们将继续秉承我校的优良传统，把教书育人和科学研究更好地结合起来。一方面为国家输送一批专业理论扎实，工程实践能力突出的优良毕业生；另一方面将整合我校和我系的知识资源在一些高新技术领域，特别是有应用前景的技术及理论领域有所突破和**。抓住教育部“ 高等学校科技**计划 ” ， “ 高层次创造性人才计划 ” 的机遇，推动我系的教学科研工作更上一个新台阶。”