液相色谱流动相一般贮存于玻璃、聚四氟乙烯或不锈钢容器内，不能贮存在塑料容器中。因为许多有机溶剂如甲醇、乙酸等可浸出塑料中的增塑剂，导致溶剂被污染。被污染的溶剂如用于液相色谱仪系统，可能造成柱效降低。贮存容器一定要盖严，防止溶剂挥发引起组成的变化，同时防止空气中的氧和二氧化碳溶入流动相中。
磷酸盐、乙酸盐缓冲液极易长霉，应尽量新鲜配制使用。如需贮存，可至于冰箱内冷藏，并且一般不要超过3天。
此外，卤代溶剂与一些反应性有机溶剂（如乙腈）混合静置时，液相色谱仪还可能产生结晶。
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