1. 荧光光源暖机。（对荧光显微镜而言）2. 在未放玻片的情况下，将拍摄拉杆调至数码摄像头，进行白平衡。3. 将拍摄拉杆调节到目镜观察位置。4. 调整瞳孔距离5. 调整视差6. 在明视野，低倍物镜下寻找目标，对焦7. 换合适的物镜，对焦。8. 调整光源亮度9. 调整聚光镜10. 根据需要调整滤光片或者是光圈在目镜中可见清晰图像时候，将显微镜调整到数字摄像头操作步骤如下：11. 调节拍摄拉杆将影像转至数字摄像头。12. 亮视野下检查是否合焦，不合焦的话转动细调焦旋钮对焦。此时应为明视野，保持相机在高帧率状态。13. 调节摄像头的色彩，可以根据需要做手动白平衡，或者手动调节红色，绿色，蓝色的增益值。14. 拍摄照片，
拍摄时候，亮视野情况下，cmos相机应将gain值较低，并根据需要调节饱和度。
荧光照片拍摄，应根据推荐选择合适增益值，并将相机帧率调低，保证拍摄照片的噪点较低。
如果需要拍摄较好的荧光图片，相机应该为显微拍摄做过优化，能进行制冷，减少噪点。此外相机*好帧率可调，降低噪声。