东莞市轨道交通有限公司于2009年5月25日开始运作，7月21日完成工商注册，8月27日揭牌，是按照现代企业制度管理的法人独资公司，实行“小业主，大社会”和“一体化”的管理模式。公司经营范围包括：城市轨道交通项目的建设、维护、经营、开发和综合利用；投资兴办实业；商业批发、零售；自有物业管理；城市轨道交通相关业务咨询；房地产开发经营。

公司目前负责建设的东莞市轨道交通R2线首期工程总长37.8公里,共设车站15座、车辆段1座、控制中心1座、主变电所2座，总投资概算为180.12亿元，计划于2015年开通运营。

公司还承担东莞市轨道交通建设规划所包含的其他线路以及现代有轨电车项目的建设与运营等工作。