制定冻干曲线和冻干时序主要确定下列数据:
预冻速率
预冻速率的快慢，对产品冻结中晶粒的大小、活菌的存活率和升华的速率均有直接的影响。一般来说，慢冻晶粒大，产品外观粗糙、不容易损伤活菌，但升华速率快，而速冻则与此相反。通常冻干机是不能调节冻结速率的。如需冻结得快一些，则先将干燥室（箱）预冷至较低温度，再将制品入箱冻结。若使干燥箱与制品一起降温，其冻结速率较慢。
预冻温度
根据预冻方法不同而略有差异。一般来说，搁板温度应低于制品共熔点5～10oC。
预冻时间
预冻所需的时间要根据不同的具体条件而定，总的原则是应使产品的各部分完全冻牢。一般来说，制品装量多，分装的容器底不平，托盘与搁板接触传热**，冻干机制冷能力小，产品的过冷度小，搁板间的温差大等均应延长预冻时间。反之预冻时间可以缩短。通常搁板式冻干机，干燥箱的搁板从室温30oC降到-40oC约需2～4个小时，在制品样品温度降到预定的*低温度后，还需在此温度下保持1～2小时，才能升华。
水汽凝结器的降温时间与温度
在产品预冻结束前30-50分钟（视其制冷能力决定时间长短）就应使水汽凝结器降温。温度降到-40oC左右，起动真空泵抽真空，当产品表面压力降至10-20Pa以下，起动加热循环泵，给产品供热升华。
抽真空时间
预冻结束就是开始抽真空，要求在0.5h左右的时间真空度能达到10Pa；预冻结束就是停止冻干箱冷冻机的运转，通常在抽真空的同时或真空抽到规定要求时停止冷冻机的运转。
预冻结束的时间
预冻结束就是停止冻干箱板层的降温，通常在抽真空的同时或真空抽到规定要求时停止板层的降温。
开始加热时间
一般认为开始加热的时间始于抽真空（实际上抽真空开始，升华即已开始）。开始加热是在真空度达到10Pa之后，有些冻干机利用真空继电器自动接通加热，即真空度达到10Pa时，加热便自动开始；有些冻干机是在抽真空之后半小时开始加热，这时真空度已达到10Pa甚至更高。
真空报警工作时间
由于真空度对于升华是极其重要的，因此新式的冻干机均设有真空报警装置。真空报警装置的工作时间在加热开始之时到校正漏孔使用之前，或从开始一直到冻干结束。一旦在升华过程中真空度下降而发生真空报警时，一方面发出报警信号，一方面自动切断冻干箱的加热。同时还启动冻干箱的冷冻机对产品进行降温，以保护产品不致发生熔化。
真空控制的工作时间
真空控制的目的是为了改进冻干箱内的热量传递，通常在**阶段干燥时使用，待产品温度达到*高许可温度之后即可停止，继续恢复真空状态，使用时间的长短由产品的品种、装量和真空度的数值所决定。也可**阶段干燥时使用。
产品加热的*高许可温度
板层加热的*高许可温度根据产品来决定，在升华时板层的加热温度可以超过产品的*高许可温度因为这时产品仍停留在低温阶段，提高板层温度可促进升华；但冻干后期板层温度需下降到与产品的*高许可温度相一致。由于传热的温差，板层的温度可比产品的*高许可温度略高少许。
冻干的总时间
冻干的总时间是预冻时间，加上升华时间和**阶段工作的时间。总时间确定，冻干结束时间也确定。冻干总时间根据产品的品种、瓶子的品种、装箱方式、装量、机器性能等来决定，一般冷冻工作的时间较长，在18~24h左右，有些产品需要几天的时间。
