对于电泳凝胶的定性基础和定量基础样品在电泳凝胶或者其他载体上的迁移率不一样，以标准品或者其他的替代标准品相比较就会对未知样品作一个定性分析。这个就是图象分析系统定性的基础。根据未知样品在图谱分析的位置可以对其作定性分析，就可以确定它的成分和性质。
样品对投射或者反射光有部分的吸收，从而照相所得到的图象上面的样品条带的光密度就会有差异。光密度于样品的浓度或者质量成线性关系。根据未知样品的光密度，通过于已知浓度的样品条带的光密度指相比较就可以得到未知样品的浓度或质量。这就是图象分析系统定量的基础。
采用新技术的紫外透射光源和白光透射光源使光的分布更加均匀，大限度的消除了光密度不均匀造成的影响。
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