此次城市供水水质专项调查是为了落实国务院有关批示要求，配合相关规划的编制，与2009年城市供水水质监督检查工作结合开展的。调查对象为国内所有设市城市和县城公共供水的水源和出厂水水质情况，主要调查2008年公共供水水质基本情况以及近期水质检查发现的水质问题。检测水质主要内容为：以地下水为水源的公共供水厂，检测出厂水CODMn（高锰酸盐指数）、**剂余量、色度等13项指标；以地表水为水源的公共供水厂的原水和出厂水检测CODMn、氨氮等6项指标。
《通知》特别要求各省、自治区、直辖市建设（城市供水）主管部门要认真做好水质情况的上报和水质普查的组织实施工作，并在2009年6月25日前完成水质基本情况的汇总统计，上报住房和城乡建设部城市建设司。
《通知》指出，各直辖市、省会城市的国家城市供水水质监测网监测站为各地水质检测的技术牵头单位，要协助做好水质检测工作，并负责水质检测数据的汇总。在2009年6月30日前将检测数据的纸质报告上报住房和城乡建设部城市供水水质监测中心，并按照要求通过“城市供水水质信息管理系统”上传检测数据。城市供水水质监测中心在2009年7月10日前完成有关数据汇总分析工作，8月15日前提交水质普查报告。