根据实验的需求，可以将分子杂交仪分为5大类。
1、是用于大容量的分子杂交仪；2、用于Southern 或者 Northern技术点杂交的杂交仪；3、用于小容量的核酸杂交仪；4、微孔板原位杂交仪；5、载玻片原位杂交和平板杂交仪；6、Western 杂交仪。
原位分子杂交，斑点分子杂交，所用的分子杂交箱是振荡式的摇床分子杂交箱；Southern、Northern、Western 杂交，所用的杂交仪是旋子式杂交仪，仪器采用*特的滚动式反应架装置，配套特制密封杂交管在水平轴上旋转，使杂交管内壁上的杂交反应膜各处能均匀地杂交液反复地接触，充分反应。
功能能齐全的分子杂交仪仪器部件有：箱体、杂交瓶转架或离心管转架、杂交管、摇床、隔膜、电脑控制系统等部件组成。可用于Southern、Northern、Western等分子杂交，还可以用于原位杂交。不同型号的箱体容纳的管子数，微孔版数，载波片数和平板数也不同。分子杂交仪的结构和功能。
功能能齐全的分子杂交仪都有一下功能：微电脑智能控制，液晶显示三种功能(温度显示、瓶架旋转速度、托盘摆动速度)。具有存储记忆功能，可以直观显示系统的运行状况。温度控制采用数字PID技术，输出采用PWM方式，控温精度高，稳定性好，并设有超温保护装置，该仪器可以同时直观箱内控温温度，滚动式瓶架旋转速度，酶标板或试剂托盘的摆动速度。同时任意选择您所需要的控温温度，瓶架旋转速度，摇床摆动速度。
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