洁净室的位置要尽量设在人流少的地方，人流方向要由低洁净度的洁净室到高洁净度的洁净室，随着洁净度的提高，人流密度逐渐减少。若工艺无特殊要求，洁净车间一般采用有密闭窗的厂房，其净高尽量降低，一般为2.5m左右为了布置容易产尘的工艺设备，净化空调系统，水气管线，缓冲室外空气温、湿度和灰尘对空气的影响，洁净度高的洁净室要沿外墙设技术走廊。中等洁净度级别可根据具体情况确定，技术走廊可兼作参观走廊。
洁净室的构造尽可能密闭，室内的平面图形尽量简单室内[平面及购配件要尽量减少凹凸面缝隙。门窗及穿过洁净室管线的接缝出均要求保密，所有缝隙可用硅橡胶和聚氨脂嵌缝胶密封。
洁净室的构造要有利于生产工艺或实验过程的变更，其建筑隔墙尽可能采用轻型结构。
洁净室的建筑材料通常采用质地坚硬、耐磨、不起尘的材料。而且要求表面光滑、容易擦拭和清洗，并具有在温湿度变化及振动等作用下形变小的物理化学稳定性。对地面材料还要具有防腐蚀性能。
洁净车间的密闭性高于一般空调车间，人员流动路线复杂。因此防火问题应予以高度重视。同时，根据洁净空间得面积大小和工艺性质，开设一个或几个**出入口，便于事故情况下使用。
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