1．动物对电击的反应部分地取决于非条件刺激的电击强度和痛#。当动物（尤其是基因改变的动物，如转基因或基因敲除小鼠）不能学会关联条件反射时，可能是电击强度不够或痛#偏高所致。对条件反应程度与电击强度进行比较分析，可排除对电击强度因素的疑虑；对刺激电流强度（0.1~0.7mA）与反应作一“量-效曲线”，可评价动物的痛#或对电击的敏感性。此外，格栅地板若沾有动物的排泄物也可改变电刺激强度。因此，应保持格栅地板的清洁与干燥。
2．由于老年动物听力减弱甚至丧失，对听觉暗示可能反应迟钝或无反应。此外，有些品系的小鼠，即使在成年早期，对高频音刺激的反应尤其减弱。因此，用这一模型测定老年动物或某些品系的小鼠时应特别谨慎，并避免用高频音刺激。
3．要使动物在关联测试中表现凝滞行为，必须让其在操作箱内有适当的时间。应避免将动物放入箱内便立即给予电刺激，因为这样动物没有时间在电击与箱内环境（关联）之间形成联系。
4．观察者必须快速、准确地判定动物是否表现凝滞行为，而不应在整个10s观察期间死盯着动物，以免动物在这10s间隙活动而导致计分不准。不同观察者应用同一种方法计分，两名观察者计分之间的相关系数应在0.98以上。同样地，当采用自动计分系统进行计分时，应对系统进行调节，使之与人工方法计分相比，两者的相关系数在0.98~1之间。
5．在本实验中，先测试关联学习，再测试暗示条件反应。在关联测试中没有听觉暗示刺激，因此，动物在暗示条件测试时对听觉刺激的反应有可能发生消退（extinction）。理论上，这种听觉暗示反应可能减弱。为消除这种实验偏差，将其中一半动物先测试听觉暗示反应，一小时后再检查关联条件反应。
6．实验分两天进行。训练和测试应在每天的同一时间进行。测试（凝滞计分）所花的时间比训练要长的多，因此，同一批训练的动物不宜过多。
7．暗示和关联两种条件恐惧可表现出发育差异和基因差异。例如，年龄在18天的大鼠有听觉条件恐惧，但极少有关联条件恐惧；而到23天时，关联和听觉暗示条件恐惧都有。有些品系的小鼠（如DBA/2小鼠）只有很弱的关联条件恐惧，但听觉条件恐惧却很好。
8．对有些基因型动物，如果预先让其短暂适应关联条件，关联学习会得到改善。一般认为这与海马功能增强有关。这种适应通常在训练前**进行，而且时间很短（30~60s）。
9．暗示条件恐惧由侧杏仁核调节，而关联条件恐惧由杏仁核和海马共同介导。毁损这些脑区可削弱或阻断暗示与关联恐惧条件反射。
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